Los aportes fiscales que recibe FONASA provienen principalmente de los impuestos generales que recauda el Estado. Es decir:

• IVA
• Impuesto a la renta
• Impuestos específicos – como combustibles o tabacos –
• Otros tributos generales

Estos aportes fiscales:

• Cubren la atención de salud de los beneficiarios de tramos A y B (personas sin capacidad de pago o de bajos ingresos).
• Financian parte de las prestaciones que exceden las cotizaciones del 7 % en los otros tramos.
• Incluyen recursos adicionales para programas como el AUGE-GES o el Copago Cero.

En Chile, el Ministerio de Salud representa aproximadamente entre un 18 % y 19 % del gasto público total.

De ese total de ingresos, un 24,8% se destina al nivel primario, es decir, a financiar la red de postas y consultorios y diferentes programas de prevención y promoción de vida saludable. Esto está por debajo de la recomendación de la OMS que sugiere que los países destinen al menos el 30 % del gasto total en salud pública a atención primaria de salud (APS). Un 62,2% va al nivel secundario o terciario (al SNSS para financiamiento de atenciones de  especialidad, cirugías ambulatorias, partos y hospitalizaciones), un 6,2% a la modalidad Libre Elección, un 5,4% a compras directas de atenciones al sector privado y un 1,4% a financiar tratamientos de alto costo a través de la ley Ricarte Soto (Gráfico 2).